Ιστορικό

῾Η Μονή κατά τή βυζαντινή περίοδο

῾Η Μονή ἱδρύθηκε κατά τό δεύτερο ἥμισυ τοῦ 14ου αἰῶνος, σέ μία περίοδο πνευματικῆς ἀκμῆς τοῦ Βυζαντίου, ἀλλά καί ποικίλων ἀναταραχῶν στό πολιτικό καί ἐκκλησιαστικό προσκήνιο τῆς Βασιλεύουσας. Τήν ἴδια περίοδο οἱ Σέρβοι μέ τόν Στέφανο Δουσάν κατελάμβαναν σημαντικά ἐδάφη τῆς Μακεδονίας, ἐνῶ οἱ Τοῦρκοι περνοῦσαν γιά πρώτη φορά στήν εὐρωπαϊκή ἤπειρο καί κατελάμβαναν εὐρωπαϊκά ἐδάφη μέ τήν κατάληψη τῆς Καλλίπολης στή Θράκη.

῾Ωστόσο, ἡ ἀρχαία παράδοση τῆς Μονῆς συνδέει τήν ἵδρυσή της μέ τό ὄνομα τοῦ αὐτοκράτορος ᾿Αλεξίου Α´ τοῦ Κομνηνοῦ. Στό μνημειῶδες ἔργο τοῦ Γερ. Σμυρνάκη γιά τό ῞Αγιον ῎Ορος, ἡ παράδοση αὐτή ἀποτυπώνεται μέ τόν ἑξῆς χαρακτηριστικό τρόπο· «᾿Εν ἀρχαίοις ἐπί μεμβράνης διπτύχοις, ἐν τῇ Μονῇ εὑρισκομένοις, ἀναγράφονται κατ᾿ ἐπακολούθησιν δίς τά ὀνόματα, ᾿Αλεξίου καί ᾿Αλεξίου τῶν βασιλέων· ἐκ τῶν Νεαρῶν δέ τῶν ἐν τῷ Εὐαγγελίῳ τοῦ ὁσίου ᾿Ιωάννου τοῦ Καλυβίτου ἀναγραφομένων, αἵτινές εἰσιν ᾿Αλεξίου Α´ τοῦ Κομνηνοῦ· ἐκ τῶν παλαιῶν ἀμοιβαίων τῆς Μονῆς τοῦ Παντοκράτορος καί Κουτλουμουσίου σχέσεων καί ἐκ τοῦ ἐν Λήμνῳ Μετοχίου, ὅπερ καλεῖται "᾿Αλεξόπυργος", δυνάμεθα νά συμπεράνωμεν ὅτι ἡ ἵδρυσις τῆς Μονῆς ἀνάγεται εἰς τήν ἐποχήν τοῦ ᾿Αλεξίου Α´ Κομνηνοῦ (1081-1117)».

Τήν παράδοση αὐτή διασώζει καί ὁ λόγιος μοναχός καί ὑμνογράφος ᾿Ιάκωβος Νεασκητιώτης κατά τά μέσα τοῦ 19ου αἰῶνος· «῾Η ῾Ιερὰ Μονὴ τοῦ Παντοκράτορος, εἰς τιμὴν τῆς φρικτῆς τοῦ Σωτῆρος Μεταμορφώσεως τιμωμένη, εἶναι κτίσμα τοῦ βασιλέως ᾿Αλεξίου τοῦ Στρατοπεδάρχου, ὅστις ἐβασίλευσεν ἐν ἔτει 1081, καθὼς τὸ χρυσόβουλλον διαλαμβάνει, ὁ ὁποῖος καὶ τὴν ἐν Πάτμῳ Μονὴν τοῦ Θεολόγου ᾿Ιωάννου ἐκ βάθρων ἀνήγειρε μεσιτείᾳ τοῦ ἁγίου Χριστοδούλου».

Εἶναι ἐπίσης γεγονός ὅτι σέ μικρή ἀπόσταση ἀπό τή θέση ὅπου κτίστηκε ἡ Μονή, προϋπῆρχε, ἤδη ἀπό τόν 11ο αἰώνα, τό μονύδριο τοῦ Σωτῆρος Χριστοῦ. 

α. Οἱ κτίτορες 

Σύμφωνα μέ τίς πηγές, καί πρωτίστως τά ἀρχαιότερα ἔγγραφα τοῦ ἀρχείου τῆς Μονῆς, κτίτορές της ὑπῆρξαν δύο ἐπιφανεῖς Κωνσταντινουπολίτες ἀξιωματοῦχοι πού ἔδρασαν στρατιωτικά κατά τήν περίοδο αὐτή στή Μακεδονία, οἱ ἀδελφοί ᾿Αλέξιος καί ᾿Ιωάννης, οἱ ὁποῖοι κατά τήν περίοδο ἱδρύσεως τῆς Μονῆς ἔφεραν τούς στρατιωτικούς τίτλους τοῦ μεγάλου στρατοπεδάρχου καί μεγάλου πριμικηρίου ἀντιστοίχως. Οἱ στρατιωτικές τους ἐπιτυχίες καί ἡ ἐξ ἀγχιστείας συγγενική τους σχέση μέ τόν αὐτοκράτορα ᾿Ιωάννη Ε´ Παλαιολόγο τούς κατέστησαν κατόχους μεγάλων ἐκτάσεων γῆς στήν ᾿Ανατολική Μακεδονία (Χρυσούπολη, ᾿Ανακτορόπολη, Θάσος, Χριστούπολη), ἀρκετές ἀπό τίς ὁποῖες ἀργότερα δώρισαν στή Μονή. Τό 1365 ἦταν διοικητές τῆς Χριστουπόλεως (σημερινή Καβάλα) καί μερίμνησαν ἰδιαιτέρως γιά τήν ἀσφάλεια τῶν περιοχῶν πού κατεῖχαν. Μάρτυρες αὐτῆς τῆς πρόνοιας παραμένουν τά ἐρείπια τοῦ ἐπιβλητικοῦ πύργου τοῦ Μαρμαρίου στήν ᾿Αμφίπολη, στήν ἀριστερή ὄχθη τοῦ Στρυμόνα, ὁ ὁποῖος ἀνεγέρθηκε τό 1367 καί πρό τοῦ 1384 περιῆλθε στή Μονή, ὅπως προκύπτει ἀπό μία πολύ σημαντική ἐπιγραφή πού βρισκόταν ἐντοιχισμένη σ᾿ αὐτόν, ὅπου μνημονεύονται ἡ «νέα Μονή τοῦ Παντοκράτορος» —νέα προφανῶς σέ σχέση μέ τήν ὑφιστάμενη ἀπό τόν 12ο αἰώνα ὁμώνυμη Μονή τῆς Κωνσταντινουπόλεως— καί τά ὀνόματα τῶν κτιτόρων της· 

῾Ο ἀκριβής χρόνος ἱδρύσεως τῆς Μονῆς δέν μᾶς εἶναι γνωστός. Εἰκάζεται, ὡστόσο, ὅτι ἡ ἀνέγερσή της πρέπει νά ἄρχισε πρό τοῦ ἔτους 1357 καί πώς πρέπει νά ἱδρύθηκε μεταξύ τῶν μηνῶν ᾿Απριλίου καί Αὐγούστου αὐτοῦ τοῦ ἔτους. Τήν ἴδια χρονική περίοδο (᾿Απρίλιος 1357) ὁ αὐτοκράτορας ᾿Ιωάννης Ε´ Παλαιολόγος καί ὁ πατριάρχης Κάλλιστος Α´ ἐπικύρωσαν μέ χρυσόβουλλο λόγο καί σιγιλλιῶδες γράμμα ἀντιστοίχως τήν παραχώρηση ἀπό τόν Πρῶτο Δωρόθεο τοῦ Κελλιοῦ —παλαιοῦ μονυδρίου— τοῦ Ραβδούχου στίς Καρυές πρός τούς δύο ἀδελφούς. Τό Κελλί αὐτό προσαρτήθηκε λίγο ἀργότερα στή Μονή, μετά τήν ἵδρυσή της. ῾Η Μονή ἐμφανίζεται καί σέ ἁγιορειτικά ἔγγραφα τῶν ἀμέσως ἑπομένων ἐτῶν, ἐνῶ τό Καθολικό της ἐγκαινιάσθηκε, σύμφωνα μέ σωζόμενη ἐπιγραφή, τό 1362/3 ἀπό τόν πατριάρχη Κάλλιστο Α´, ὁ ὁποῖος καί τήν ἀνεκήρυξε πατριαρχική, ἐνῶ ἀπό τό 1367 χαρακτηρίζεται καί ὡς βασιλική. ῾Ο ἴδιος πατριάρχης ἐξέδωσε καί τυπικό γιά τή Μονή, τό ὁποῖο δυστυχῶς ἀπωλέσθηκε, μέ τό ὁποῖο μεριμνοῦσε γιά τήν ἀνεξαρτησία καί τήν κοινοβιακή τάξη τῆς Μονῆς, καθώς καί γιά τήν πνευματική κατάσταση τῶν μοναχῶν της.

Λίγα χρόνια ἀργότερα, μεταξύ Μαρτίου τοῦ 1368 καί Φεβρουαρίου τοῦ 1369, ὁ ᾿Αλέξιος ἀπεβίωσε, πιθανότατα ὑπερασπιζόμενος τό νησί τῆς Θάσου ἀπό τούς Τούρκους. Τό κτιτορικό ἔργο συνέχισε ὁ ᾿Ιωάννης μαζί μέ τή σύζυγό του ῎Αννα ᾿Ασανίνα Κοντοστεφανίνα, ὅπως μαρτυρεῖται σέ ἔγγραφα αὐτῆς τῆς περιόδου καί κυρίως στή μερική Διαθήκη τοῦ ᾿Ιωάννου τόν Αὔγουστο τοῦ 1384· «ἐπεὶ δὲ τοίνυν πρὸ χρόνων πολλῶν, ἔτι περιόντος τοῦ μακαριωτάτου μου ἐκείνου αὐταδέλφου, περιφανεστάτου μεγάλου Στρατοπεδάρχου, μονὴν ἀμφότεροι τῷ Παντοκράτορι Χριστῷ κατὰ τὸ περιφανέστατον καὶ λαμπρότατον ῞Αγιον ῎Ορος τοῦ ῎Αθω ἐκ βάθρων αὐτῶν ἀνεγείραμεν, ἐκείνου τε ἐφεξῆς τὸ ζῆν ἐκμετρήσαντος, μόνος αὐτὸς περιλειφθείς, τὸ λειπόμενον τῷ τῆς τελείας ἀνεπλήρωσα ἀνακτήσεως».

῾Η ἀσταθής πολιτική κατάσταση καί οἱ στρατιωτικές ἐπιτυχίες τῶν Τούρκων ὁδήγησαν τόν ᾿Ιωάννη στήν ἀπόφαση νά ζητήσει ἀπό τόν Βενετό δόγη ᾿Ανδρέα Κονταρίνι τό δικαίωμα τοῦ Βενετοῦ πολίτη, τό ὁποῖο καί ἔλαβε τόν ᾿Ιανουάριο τοῦ 1374, χωρίς ὅμως νά καταφύγει ποτέ στή Βενετία. Παρέμεινε στή Μακεδονία, συνεχίζοντας τήν προάσπιση τῶν βυζαντινῶν κτήσεων πού τοῦ ἀνῆκαν, ὅπως τοῦ Μαρμαρολιμένα τῆς Θάσου, ὅπου ἀνήγειρε πύργο καί τεῖχος, ἀλλά καί τῶν δωρεῶν πρός τή Μονή του. Παρέμεινε ἐνεργός τουλάχιστον ὥς τά τέλη τοῦ ἔτους 1384, ὁπότε καί ἀποσύρθηκε στή Μονή, ὅπου ἔζησε τά τελευταῖα χρόνια τῆς ζωῆς του. Σύμφωνα μέ τήν παράδοση τῆς Μονῆς ὁ ᾿Ιωάννης ἐκάρη μοναχός, λαμβάνοντας τό μοναχικό ὄνομα ᾿Ιωαννίκιος. Μνημεῖο τῆς παρουσίας του καί τοῦ θανάτου του στή Μονή περί τό 1386/7 παραμένει ὁ «Τάφος τῶν κτιτόρων» —στή βόρεια πλευρά τῆς Λιτῆς σήμερα—, ὁ ὁποῖος καλυπτόταν μέ ψευδοσαρκοφάγο, χρονολογούμενη τόν 14ο αἰώνα, τμῆμα τῆς ὁποίας ἔχει διασωθεῖ.

β. ῾Η Μονή κατά τή βυζαντινή περίοδο 

Μετά τό θάνατο τῶν κτιτόρων ἡ Μονή ἀντιμετώπισε μία σοβαρή δοκιμασία, ἐξαιτίας καταστρεπτικῆς πυρκαγιᾶς πού ξέσπασε τό 1392 στό νεόδμητο κτιριακό της συγκρότημα, ἀποτεφρώνοντας ἤ προκαλώντας σοβαρές καταστροφές σέ πολλά ἀπό τά κτιτορικά κτίσματα καί στό ἀρχεῖο της, μέ τήν ἀπώλεια ἀρκετῶν σημαντικῶν ἐγγράφων. Τό γεγονός αὐτό ὁδήγησε τούς παντοκρατορινούς μοναχούς στήν δραστηριοποίησή τους, ὥστε νά διασφαλιστοῦν οἱ κτήσεις τῆς Μονῆς ἐντός καί ἐκτός τοῦ ῾Αγίου ῎Ορους μέ τήν ἐπανέκδοση τῶν σχετικῶν ἐπικυρωτικῶν ἐγγράφων, καί νά ἀνοικοδομηθοῦν τά κατεστραμμένα κτίρια. ῎Ετσι, κατοχύρωσαν ἀρχικά, τόν Δεκέμβριο τοῦ 1392, τήν κτήση τῶν ἕξι κελλιῶν τους στό ῞Αγιον ῎Ορος μέ ἔγγραφο τοῦ Πρώτου ῾Ιερεμία καί τῆς Συνάξεως τοῦ ῾Αγίου ῎Ορους, ἐνῶ στή συνέχεια ἀπευθύνθηκαν στόν αὐτοκράτορα Μανουήλ Β´ Παλαιολόγο, ὥστε νά κατοχυρώσουν τίς κτήσεις τῆς Μονῆς ἐκτός τοῦ ῾Αγίου ῎Ορους. Πράγματι, ὁ Μανουήλ προέβη στήν ἐπικύρωση τῶν κτήσεων τῆς Μονῆς στή Λῆμνο καί στήν ᾿Ανατολική Μακεδονία μέ τρία χρυσόβουλλα, τά ὁποῖα ἀπολύθηκαν τόν Αὔγουστο τοῦ 1393 καί τόν ᾿Ιανουάριο τοῦ 1394 καί 1396.

Τήν ἔκδοση τῶν ἀνωτέρω χρυσοβούλλων ἀκολούθησαν σχετικά σιγίλλια τοῦ πατριάρχη ᾿Αντωνίου Δ´, ὁ ὁποῖος ἐπέδειξε ἰδιαίτερη πρόνοια ὑπέρ τῆς Μονῆς, μέ τήν ἔκδοση τεσσάρων συνολικά πατριαρχικῶν ἐγγράφων. Τά δύο ἐξ αὐτῶν ἀφοροῦσαν στήν ἐπικύρωση τῶν μετοχίων τῆς Μονῆς στήν ᾿Ανατολική Μακεδονία καί στή Λῆμνο, ἐνῶ τά ἄλλα δύο, χρονολογούμενα τόν ᾿Ιανουάριο καί τόν ᾿Απρίλιο τοῦ 1396, ἐπιλαμβάνονταν σοβαρῶν ζητημάτων σχετικῶν μέ τήν ἀνεξαρτησία τῆς Μονῆς ἀπό τόν Πρῶτο τοῦ ῾Αγίου ῎Ορους, τόν ἐπίσκοπο ῾Ιερισσοῦ καί τούς πατριαρχικούς ἐξάρχους, καθώς καί μέ τόν ἐσωτερικό βίο τῆς Μονῆς (κοινοβιακή τάξη, σχέσεις ἡγουμένου-μοναχῶν κ.ἄ.).

3. ῾Η Μονή κατά τήν περίοδο τῆς Τουρκοκρατίας 

Τό ῞Αγιον ῎Ορος «ἐπροσκύνησεν τὸν σουλτὰν ᾿Αμουράτην [= Μουράτ Β´]» τό ἔτος 1423/4, ὅπως καταγράφεται σέ ἐνθύμηση τοῦ βατοπεδινοῦ κώδικα 1201. Οἱ ῾Αγιορεῖτες, διαβλέποντας τή μοιραία κατάληξη τοῦ Βυζαντίου καί κάτω ἀπό τήν πίεση τῶν τουρκικῶν κατακτήσεων τῶν περισσοτέρων ἐδαφῶν τῆς Μακεδονίας πού εἶχαν προηγηθεῖ, ὁδηγήθηκαν στήν ἀπόφαση νά δηλώσουν ὑποταγή στούς Τούρκους. ῾Η πράξη τους αὐτή, ἡ ὁποία ἀπέβλεπε στήν προστασία τῶν Μονῶν ἀπό τή λεηλασία καί τήν καταστροφή, δέν ἀπέτρεψε τή βαρύτατη φορολόγησή τους, ἡ ὁποία δημιούργησε ἔκτοτε καί καθ᾿ ὅλη τήν περίοδο τῆς Τουρκοκρατίας σοβαρά προβλήματα λειτουργίας, ἀκόμη καί ἐπιβίωσης, σέ ὅλες τίς ἁγιορειτικές Μονές.

Κατά τήν περίοδο αὐτή ἡ Μονή, μέ ἡγούμενο τόν ἱερομόναχο Νίκανδρο (1423), κατόρθωσε νά ἀντιπαλαίσει τίς ἀντίξοες συνθῆκες, δεχόμενη ἕνα σημαντικό ἀριθμό δωρεῶν καί νέων μετοχίων, πού τήν ἐνίσχυσαν οἰκονομικά καί τῆς προσέδωσαν μία σχετική οἰκονομική εὐρωστία. Τό 1471, ἐπί ἡγουμενίας τοῦ ᾿Ιγνατίου, τήν ἐπισκέφθηκε καί ρύθμισε θέματα τῆς Μονῆς ὁ μαθητής τοῦ ἁγίου Μάρκου τοῦ Εὐγενικοῦ, ἅγιος Διονύσιος Α´, πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως καί νέος κτίτορας τῆς Μονῆς Εἰκοσιφοινίσσης στό Παγγαῖο, μετά τήν πρώτη παραίτησή του ἀπό τόν οἰκουμενικό θρόνο. Τήν ἴδια περίοδο, ὁ πρώην ἡγούμενος τῆς Μονῆς ᾿Ιγνάτιος Ζαγρήφας ἀναδείχθηκε σέ Πρῶτο τοῦ ῾Αγίου ῎Ορους (1483-1496), ἐνῶ μερικές δεκαετίες ἀργότερα, τό 1522 στό ἴδιο ἀξίωμα προβλήθηκε καί ὁ Παντοκρατορινός ἱερομόναχος Νήφων.

᾿Από τά τέλη τοῦ 15ου καί σέ ὁλόκληρο τόν 16ο αἰώνα, περίοδο πνευματικῆς ἀνακάμψεως τοῦ ὑπόδουλου ῾Ελληνισμοῦ, ἡ Μονή ἐνισχύθηκε, ὅπως καί ἄλλες ἁγιορειτικές Μονές, ἀπό ὀρθόδοξους ἡγεμόνες τῶν παραδουνάβιων περιοχῶν. Πρῶτος τήν εὐεργέτησε ὁ μέγας λογοθέτης τῆς Βλαχίας Στάικος5, ὁ ὁποῖος χαρακτηρίζεται σέ ἔγγραφο τοῦ 1501 νέος κτίτορας τῆς Μονῆς. Εὐεργέτης της ὑπῆρξε καί ὁ γαμβρός του, μέγας ποστέλνικος Νεαγκόε ἀπό τό Περίς6 (1516-1529). ῎Αλλος ἕνας ἡγεμόνας τῆς Βλαχίας ὁ ὁποῖος προσφέρει σημαντική ἀρωγή κατά τήν περίοδο αὐτή στή Μονή εἶναι ὁ Νεαγκόε Μπασαράμπ Κραϊοβέσκου (1512-1521), πρόσωπο γνωστό κυρίως ἀπό τήν ἰδιαίτερη σχέση του μέ τόν ὅσιο Νήφωνα, στό ρουμανικό βίο τοῦ ὁποίου χαρακτηρίζεται καί ὡς κτίτορας τῶν Μονῶν Παντοκράτορος καί ᾿Ιβήρων. Μέ ἀνακαινιστικά ἔργα στή Μονή κατά τήν περίοδο αὐτή συνδέονται καί τά ὀνόματα δύο ἀκόμη ἀξιωματούχων τῆς Μολδοβλαχίας· α) τοῦ Μπάρμπουλου, πού χαρακτηρίζεται ἀπό τόν Μπάρσκυ τρίτος κτίτορας τῆς Μονῆς, ἀλλά δέν εἶναι δυνατόν, μέ βάση τά ὑπάρχοντα στοιχεῖα, νά τόν ταυτίσουμε μέ κάποιον ἀπό τούς ὁμώνυμους ἀξιωματούχους πού μνημονεύονται κατά τήν περίοδο αὐτή, καί β) τοῦ μεγάλου βεστιαρίου καί λογοθέτη (1516-1523, 1539-1541) τῆς Μολδαβίας Γαβριήλ Τοτρουσιάν (Tortusanu), ὁ ὁποῖος χρηματοδότησε τήν ἐπισκευή τοῦ βυζαντινοῦ ὑδραγωγείου τῆς Μονῆς τό 1536/7. Μεταξύ τῶν εὐεργετῶν αὐτῆς τῆς περιόδου μποροῦμε νά κατατάξουμε καί τόν μέγα κόμη Barcan (1560-1568) καί τούς τρεῖς γιούς του Radul, Manea καί Diicul, οἱ ὁποῖοι χρηματοδοτοῦν τήν κατασκευή τῆς ἀργυρῆς ἐπενδύσεως τοῦ Εὐαγγελίου τοῦ ἁγίου ᾿Ιωάννου τοῦ Καλυβίτου.

Παράλληλα μέ τίς δωρεές αὐτές πρός τή Μονή, οἱ ὁποῖες σχετίζονται μέ τίς σοβαρές ἐπισκευαστικές ἐργασίες πού ἐκτελέστηκαν κατά τήν περίοδο αὐτή, τό Σεπτέμβριο τοῦ 1537 ὁ πατριάρχης ῾Ιερεμίας Α´ ἐπικύρωσε μέ σιγίλλιό του τήν ἀνεξαρτησία τῆς Μονῆς καί τά δίκαιά της, ὅπως αὐτά ὁρίζονταν σέ παλαιότερο σιγίλλιο τοῦ πατριάρχη ᾿Αντωνίου Δ´. ᾿Επιπλέον, μέ μία σειρά ἐγγράφων προερχομένων ἀπό τά ὄργανα καί τούς φορεῖς ἐκκλησιαστικῆς καί μοναχικῆς διοικήσεως, ὅπως ὁ πατριάρχης ῾Ιερεμίας Β´ ὁ Τρανός, ὁ μητροπολίτης Θεσσαλονίκης ᾿Ιωάσαφ ᾿Αργυρόπουλος καί ὁ ἐπίσκοπος ῾Ιερισσοῦ Μακάριος, καθώς καί ἡ Σύναξη καί οἱ Πρῶτοι τοῦ ῾Αγίου ῎Ορους, ρυθμίζονταν θέματα πού ἀφοροῦσαν ἐδαφικές διαφορές της μέ ἄλλες ἁγιορειτικές Μονές ἤ τήν ἐπικύρωση μετοχίων της ἐκτός τοῦ ῾Αγίου ῎Ορους.

῾Η ἄνθηση τῆς Μονῆς κατά τήν περίοδο αὐτή πιστοποιεῖται καί ἀπό τό γεγονός ὅτι κατά τό πρῶτο ἥμισυ τοῦ 16ου αἰῶνος ἐγκαταβιοῦσε σ᾿ αὐτήν σημαντικός ἀριθμός μοναχῶν (κυμάνθηκε ἀπό 40 ἕως 215 μοναχούς). Τό 1574, στό Τυπικό τοῦ ῾Αγίου ῎Ορους πού συνέταξε ὁ πατριάρχης ῾Ιερεμίας Β´ ὁ Τρανός, ἡ Μονή καταλαμβάνει πλέον τήν ἕβδομη θέση μεταξύ τῶν ἁγιορειτικῶν Μονῶν, θέση τήν ὁποία διατηρεῖ ὥς τίς μέρες μας.

῾Η δήμευση τῶν ἁγιορειτικῶν κτημάτων ἀπό τόν σουλτάνο Σελίμ Β´ τό 1568 ἀνάγκασε τίς Μονές νά δανεισθοῦν ὑπέρογκα ποσά μέ ἐπαχθεῖς ὅρους γιά νά ἐξαγοράσουν ἐκ νέου τά μετόχια τους καί νά καταβάλουν χαράτσι 14.000 χρυσῶν φιορινίων καί ἄλλους φόρους. Τό γεγονός αὐτό δημιούργησε καί στή Μονή οἰκονομικά προβλήματα, τά ὁποῖα προσπάθησε νά ἀντιμετωπίσει καταφεύγοντας σέ ζητεῖες. ᾿Επιπλέον, ἡ καταπάτηση τοῦ μεγάλου μετοχίου τῆς Μονῆς στή Λῆμνο τό 1581, τήν ἀνάγκασε νά πληρώσει 130.300 ἄσπρα γιά τήν ἀνάκτησή του.

Σύντομα ἡ Μονή κατόρθωσε νά ἀνακάμψει καί, ἐπιπλέον, νά ἀποκτήσει διά δωρεᾶς ἤ ἐξ ἀγορᾶς νέα μετόχια καί κτήματα, ὅπως τό μοναστήρι Κατσόρι στή Βλαχία, τό ὁποῖο δώρισε τό 1629 ὁ ἡγεμόνας τῆς Βλαχίας ᾿Ιωάννης ᾿Αλέξανδρος (Ilias). Συγχρόνως ἄρχισαν νά ἐκτελοῦνται νέες ἐργασίες ἀνακαινίσεως καί ἐπεκτάσεως σέ διάφορα κτίσματα τῆς Μονῆς, ὅπως τό Καθολικό καί ἡ νοτιοανατολική πτέρυγα. ῎Ετσι ὅταν τό 1629/30 ἐπισκέφθηκε «τόν Παντοκράτορα» ὁ Σερραῖος κληρικός παπα-Συναδινός, κατά τή διάρκεια ἑνός προσκυνηματικοῦ ταξιδιοῦ του στό ῞Αγιον ῎Ορος, τό ὁποῖο καταγράφει στή Χρονογραφία του, τόν χαρακτηρίζει «σιμαζηχτηκόν μοναστῆρι», δηλ. νοικοκυρεμένο.

᾿Ακολούθησε μία περίοδος ὕφεσης ἀπό τά μέσα τοῦ 17ου ἕως τά μέσα τοῦ 18ου αἰῶνος. Τότε πιθανότατα διακόπτεται καί ὁ κοινοβιακός βίος τῆς Μονῆς, μέ τελευταῖο γνωστό ἡγούμενό της τόν ῾Ιερεμία (1648-1656), χωρίς ὡστόσο νά ἀποκλείεται ὅτι εἶχαν ἤδη προϋπάρξει κάποια μικρά διαστήματα ἰδιορρυθμίας, φαινόμενο πού ἀσφαλῶς συνδέεται μέ τίς οἰκονομικές δυσχέρειες πού εἶχε ἀντιμετωπίσει κατά περιόδους ἡ Μονή. Κατά τήν περίοδο αὐτή ἡ Μονή εἶχε νά ἀντιμετωπίσει, ὅπως καί οἱ ἄλλες Μονές τοῦ ῎Ορους, καί τό φαινόμενο τῆς πειρατείας. Τό γεγονός ὅτι, σύμφωνα μέ τόν Μπάρσκυ, ἡ Μονή δεχόταν συχνά πειρατικές ἐπιδρομές, ἀνάγκασε τούς μοναχούς νά ὀχυρώσουν τούς πύργους της μέ κανόνια.

Μέ τήν ἀρωγή κάποιων παραγωγικῶν μετοχίων της, ὅπως ἐκεῖνα τῆς Θάσου, ἡ Μονή κατόρθωσε κατά τίς τελευταῖες δεκαετίες τοῦ 18ου αἰῶνος νά ἀνακάμψει καί νά ὁδηγηθεῖ σέ νέα περίοδο ἀνθήσεως, ἡ ὁποία σηματοδοτεῖται ἀπό τήν πρόσκτηση νέων μετοχίων, τήν ἀνάπτυξη τῶν παλαιοτέρων καί τήν ἐκτέλεση οἰκοδομικῶν ἔργων μεγάλης κλίμακος στή Μονή. Γιά τά ἔργα αὐτά θεωρεῖται ἰδιαίτερα σημαντική ἡ συμβολή δύο δραστήριων σκευοφυλάκων τῆς Μονῆς κατά τήν περίοδο αὐτή, τοῦ προηγουμένου Κυρίλλου καί τοῦ μοναχοῦ ῾Ιεροθέου, τά ὀνόματα τῶν ὁποίων μνημονεύονται σέ ἀρκετές ἀνακαινιστικές ἐπιγραφές αὐτῆς τῆς περιόδου. ᾿Ανοικοδομήθηκε ἡ Τράπεζα, ἐπισκευάστηκαν ὁ κεντρικός τροῦλλος τοῦ Καθολικοῦ καί ἡ δυτική πτέρυγα καί ἀνακαινίστηκε ἡ βόρεια μαζί μέ τά παρεκκλήσια τῶν ῾Αγίων ᾿Ανδρέα καί ᾿Ιωαννικίου καί τῶν ᾿Αρχαγγέλων. ᾿Ιδιαίτερη μέριμνα καταβλήθηκε ἐπίσης γιά τόν ἐμπλουτισμό τοῦ Σκευοφυλακίου μέ νέα ἱερά κειμήλια, καθώς καί γιά τήν κατασκευή πολύτιμων λειψανοθηκῶν.

Παρά τό γεγονός ὅτι ὅλες αὐτές οἱ ἐργασίες δημιούργησαν μεγάλα χρέη στή Μονή, οἱ Παντοκρατορινοί κατόρθωσαν, συνεπικουρούμενοι ἀπό τόν γνωστό Θεσσαλονικέα εὐπατρίδη ᾿Ιωάννη Γούτα Καυταντζόγλου, νά ἀντιμετωπίσουν καί τή νέα δυσχερή οἰκονομική κατάσταση. Κατά τήν περίοδο αὐτή γνωρίζουμε ὅτι στή Μονή ἐγκαταβιοῦσε ἕνας σημαντικός ἀριθμός μοναχῶν, πού κυμαινόταν ἀπό 60 ἕως 136 πατέρες.

῾Η ᾿Επανάσταση τοῦ 1821 σήμανε τήν ἀπαρχή νέων μεγάλων περιπετειῶν γιά τή Μονή, ὅπως καί γιά ὁλόκληρο τό ῞Αγιον ῎Ορος. Οἱ ῾Αγιορεῖτες ὑποστήριξαν ἐμφανῶς τήν ἐπαναστατική δράση τοῦ ᾿Εμμανουήλ Παπᾶ στήν ᾿Ανατολική Μακεδονία. Μάλιστα, σύμφωνα μέ προφορική παράδοση, γιά τούς σκοπούς τῆς ᾿Επαναστάσεως στό ῞Αγιον ῎Ορος παραχωρήθηκαν καί τά κανόνια τῶν πύργων τῆς Μονῆς, τά ὁποῖα ἀπεικονίζονται σέ παλαιές χαλκογραφίες. ῞Ομως, ἡ ἀποτυχία τῶν μακεδονικῶν δυνάμεων τοῦ ᾿Εμμανουήλ Παπᾶ ἄνοιξε τούς ἀσκούς τοῦ Αἰόλου γιά τό ῞Αγιον ῎Ορος. Τό Φεβρουάριο τοῦ 1822 εἰσῆλθαν τουρκικά στρατεύματα, τά ὁποῖα ἐγκαταστάθηκαν στίς Μονές, ὑποχρεώνοντας μάλιστα τούς ἐναπομείναντες μοναχούς νά μεριμνοῦν γιά τή συντήρησή τους. Ταυτοχρόνως ἐπιβλήθηκαν βαρύτατοι φόροι, γεγονός πού ὁδήγησε τίς Μονές σέ ἀπόλυτη ἔνδεια. Αὐτό ἐπιβεβαιώνεται καί ἀπό ὅσα ἀναφέρουν σέ ἔγγραφό τους τό 1827 οἱ ἐπίτροποι τῆς Μονῆς προηγούμενος Θεόκλητος καί γέρων ᾿Αγάπιος· «Καθὼς εἶναι γνωστὸν τοῖς πᾶσιν, ὑστερούμεθα καὶ τὸν ἐπιούσιον ἄρτον».

Οἱ περισσότεροι πατέρες τῆς Μονῆς, ὅπως καί ἄλλων ἁγιορειτικῶν Μονῶν, εἶχαν ἤδη ἐγκαταλείψει τό ῞Αγιον ῎Ορος πρό τῆς ἐλεύσεως τῶν τουρκικῶν στρατευμάτων. Κατέφυγαν μέ πλοιάριο τῆς Μονῆς ἀρχικά στή Θάσο καί ἀπό ἐκεῖ στή Σκόπελο, μεταφέροντας μαζί τους ὅλα τά κειμήλια τῆς Μονῆς, τά ὁποῖα, μετά τήν ἄφιξή τους στή Σκόπελο, κατέγραψαν καί παρέδωσαν στούς ἀρεοπαγίτες ἐκπροσώπους τῆς Βουλῆς τῆς Κορίνθου Δρόσο Μανσόλο καί Κυριακό Τασίκα, μέ σκοπό νά ἐκποιηθοῦν γιά τίς ἀνάγκες τοῦ ᾿Αγώνα. Τά ἱερά ἄμφια φυλάχθηκαν στή Μονή τῆς ᾿Επισκοπῆς στή Σκόπελο. Σύμφωνα μέ τόν ὑπουργό οἰκονομικῶν τῆς ῾Ελλάδος Κ. Νοταρᾶ, τό ἀσήμι καί τό χρυσάφι πού χωνεύθηκε ἀπό τά κειμήλια τῆς Μονῆς ἀνερχόταν σέ ἀξία στά 6.250 γρόσια, ποσό τό ὁποῖο, ἀσφαλῶς, δέν ἀνταποκρίνεται στήν πραγματικότητα, δεδομένης τῆς ἱστορικῆς ἀξίας τῶν σκευῶν καί τῆς πολύτιμης καί περίτεχνης διακοσμήσεώς τους.

῞Οσα κειμήλια δέν χρησιμοποιήθηκαν μεταφέρθηκαν στή Μονή τοῦ Μεγάλου Σπηλαίου στήν Πελοπόννησο, ἀπ᾿ ὅπου καί ἐπεστράφησαν τελικά στή Μονή τό 1830, μετά τήν ἀποχώρηση τοῦ τουρκικοῦ στρατοῦ ἀπό τό ῞Αγιον ῎Ορος, μέ ἐνέργειες τοῦ πρώτου Κυβερνήτη τῆς ῾Ελλάδος ᾿Ιωάννη Καποδίστρια.

Μετά τό τέλος αὐτῆς τῆς πολυετοῦς καί ἐπώδυνης περιπέτειας τῶν παντοκρατορινῶν μοναχῶν, ἡ Μονή ἀνασυγκροτήθηκε καί ἀναδιοργανώθηκε. Μέ δαπάνες τοῦ παντοκρατορινοῦ ἀρχιμανδρίτη καί οἰκονόμου τῆς Μονῆς στό μετόχι τῆς Βλαχίας Μελετίου Κατσοράνου τοῦ Κυδωνιέως πραγματοποιήθηκαν σοβαρές ἀνακαινίσεις καί ἐπισκευές κυρίως στό Καθολικό, τοῦ ὁποίου ἐπιζωγραφήθηκαν καί οἱ τοιχογραφίες, ὅπως καί σέ ἄλλα κτίσματα. Παρά τά οἰκονομικά προβλήματα πού ἐξακολουθοῦσαν νά τήν ταλανίζουν, ἡ Μονή γνώρισε σταδιακή ἀνάκαμψη καί ἀριθμοῦσε τό 1903 58 μοναχούς.